Trilogie des Fourmis
Les Fourmis, prix des lecteurs de Sciences et Avenir, 1991. Ce livre est son grand succès : il s'est vendu à plus de 2 millions d'exemplaires et a été traduit dans plus de trente langues.
Le Jour des fourmis, Grand prix des lectrices de Elle, 1992
La Révolution des fourmis, 1996
Cycle des Thanatonautes
Les Thanatonautes, 1994, Bernard Werber avoue avoir un penchant pour ce livre, qui a pourtant été un échec commercial, lors de sa sortie grand format, le succès étant venu avec la version de poche.
L'Empire des anges, prix Jules-Verne, 2000
Trilogie du cycle des dieux
Cette trilogie fait suite au Cycle Des Thanatonautes.
Nous les dieux (5 octobre 2004)
Le Souffle des dieux (octobre 2005)
Le Mystère des dieux (3 octobre 2007).
Autre
Le Papillon des étoiles sorti le 3 octobre 2006
Série des Aventuriers de la Science
Le Père de nos pères, 1998
L'Ultime Secret, 2001
Livres expérimentaux
L'Encyclopédie du savoir relatif et absolu, 1993
Le Livre du voyage, prix des lecteurs du « Livre de Poche », 1997
Le Livre secret des fourmis, 2002
Nos amis les humains, 2003
Nouvelles
L'Arbre des possibles, 2002
Bandes dessinées
Exit, 1999
Tome 1, 1999
Le Deuxième Cercle, 2000
Jusqu'au dernier souffle, 2002
Les Enfants d'Ève, mai 2005
Films
La Reine de nacre, (court métrage, 15') 2001 coréalisé par S. Drouin
Les Humains, (court métrage, 9') 2003
Nos amis les Terriens, long métrage produit par Claude Lelouch, sorti le 18 avril 2007
Pièce de théâtre
Nos amis les humains, 2003 mise en scène en 2004 par Jean-Christophe Barc et interprétée par Audrey Dana et Jean-Christophe Barc. La captation a été effectuée le mercredi 7 décembre 2005 à Annonay.
Autres
Préface de L'Homme végétal, de Gérard Nissim Amzallag, Albin Michel, 2003
Meurtre dans la Brume, 2006[5]
Le trésor de l'île des visionnaires, 2004[6]
Participation à la chanson La saga des gnous, sur l'album Longtemps de Louis Bertignac ancien membre de Téléphone